非法行医不仅威胁患者的生命安全，还严重扰乱医疗市场秩序。如果任其野蛮生长，后果不堪设想。国家和地方都在加大力度打击非法行医，但非法行医具有隐蔽性，欺骗性和复杂性等特点，因此查处困难。
（一）非法行医流动性强，违法成本较低
受经济利益的驱动在暂时停止非法行为后换一个地点又重操旧业。有的查的时候摘除诊所标志和户外宣传灯箱，有的租间民房简化诊室内设施，有的非法行医者共同出资雇佣“探子”，守在执法人员必经的路口，打探消息。查处某些黑诊所，可能就是没收违法所得，处以罚款，罚款的金额也比较低，处罚的威慑力不足，过段时间又会重操旧业，非法行医违法成本较低，导致非法行医猖獗。
（二）监督打击难度大，监督执法人员的人身安全常常受到威胁
国家、省、市在打击非法行医过程中出台了一些法律、文件，对部门职责也做了一些原则性规定，但在基层存在实际操作难的问题。非法行医可能存在社会的各个角落，在宾馆、居民楼、美容院、公司、研究机构等场所都有分布。基层卫生监督员严重不足，无法及时有效发现。非法行医案件查处后死灰复燃的情况非法突出。
打击非法行医必然会触及非法行医者的经济利益，部分非法行医者将监督执法人员视为他们的对立者，拒绝、阻挠、推搡、撕扯、威胁时常发生。据调查，65%的执法人员受到过言语威胁，1%的执法人员受到过来自非法行医者的不公正投诉举报，几乎所有的执法人员都遭遇过推搡、撕扯。
（三）在打击非法行医中如何妥善安置乡村医生
依据《医疗机构管理条例实施细则》第13条第1款规定在城市设置诊所的个人，必须同时取得《医师执业证书》”。随着我国经济的发展，原有的乡村变成了城市，部分乡村医生进入城市后无医师执业证书，是否还有行医资格？在打击非法行医中该如何合法、合情地正确对待这批乡村医生，一直困扰着监督执法者。
（四）法律规定不够全面，对非法行医处罚的法律适用不够明确
原卫生部在非法行医《关于对执行中有关问题的批复》中明确取缔是行政强制措施不是行政处罚，但是对取缔的方法、程序、使用的文书等方面尚未明确规定。
在行政处罚中法律规定与现实执行不衔接，无法处罚，如有医师执业资格的人在宾馆做医疗美容手术，按照未取得医疗机构执业许可证处罚，该人员不服，陈述没有挂牌是医疗机构，也没有开办医疗机构，不能按照未获取医疗机构机构处罚。事实上该案例是有医师执业证的人员，擅自在非医疗机构进行诊疗活动，没有相对应的的处罚条款，应当处罚组织非法手术者。故存在法律规定和现实不衔接问题，在打击非法行医的执法过程中执法效果不理想。
罚没物品处理困难。《医师法》《医疗机构管理条例实施细则》《医疗机构管理条例》中对非法行医行为都确认应“没收药品、器械”，可是对没收后药品和器械处置、保存无相应的配套文书和措施。
《医师法》仅规定了非医师行医，但实际上非医师、护士、药师、技师非法从事诊疗行为都属于非法行医。《刑法》规定包括的范围不足，法律威慑力不够。刑法中规定了非法行医罪，《刑法》第336条第1款规定“未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处3年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或单处罚金;亚重损害就诊人身体健康的，处3年以上10年以下有期徒刑，并处罚金;造成就诊人死亡的，处10 年以上有期徒刑，并处罚金。”该条款并未将非医疗机构以及从事其他非法行医人员纳入非法行医罪的主体范畴，存在法律规定不全面的问题。
（五）缺少信用体系制度，处罚后仍然屡禁不止
有些单位因非法行医被行政处罚后，还能换个地方继续申请美容院、公司等开业，没有信用体系制度的约束，对从业准入没有限制，导致其还能摇身一变成另一家美容院、公司等，继续从事非法行医行为。
